Après la mort de sa mère, Mahito part vivre à la campagne avec son père. Il y fait la rencontre d’un héron cendré qui prétend que sa mère est vivante et l'invite à le suivre. Le héron le guide dans un univers fantastique dans lequel il découvrira le mystère du décès de sa mère.

Le garçon et le héron se veut être une conclusion à l’œuvre de Miyazaki. Elle est dédiée à son petit-fils et nous offre, à travers le personnage de Mahito, un voyage initiatique sur l’acceptation du deuil.

« Il ne suffit pas d'avoir des yeux et des oreilles en état de fonctionnement, il faut que les yeux du cœur, les oreilles du cœur soient aussi ouverts. » Extraite du résumé du livre Et vous, comment vivrez-vous ? de Yashino Genzabûro, cette phrase peut tout aussi bien résumer Le garçon et le héron, réalisé d’après ce même livre.